Knižnice napísané v Nextflow e

rnaseq

Potrubie na analýzu sekvenovania RNA pomocou STAR, RSEM, HISAT2 alebo lososa s počtom génov/izoforiem a rozsiahlou kontrolou kvality.
  • 646
  • MIT

patterns

Spravovaná zbierka vzorov implementácie Nextflow (od nextflow-io).
  • 281
  • MIT

sarek

Analytický kanál na detekciu zárodočných alebo somatických variantov (predspracovanie, volanie variantov a anotácia) z WGS / cielené sekvenovanie.
  • 256
  • MIT

chipseq

ChIP-seq vrchol-calling, QC a diferenčná analýza potrubia.
  • 149
  • MIT

atacseq

Potrubie ATAC-seq pre volanie vrcholov a analýzu kontroly kvality.
  • 142
  • MIT

mag

Zostavenie a zoskupenie metagenómov.
  • 134
  • MIT

eager

Plne reprodukovateľný a najmodernejší kanál na analýzu starovekej DNA.
  • 96
  • MIT

configs

Konfiguračné súbory používané na definovanie parametrov špecifických pre výpočtové prostredia v rôznych inštitúciách (podľa nf-core).
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

Dôkaz koncepcie potrubia RNAseq.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) osvedčených postupov pre zriedkavé choroby.
  • 51
  • MIT

hlatyping

Presné písanie HLA zo sekvenčných údajov novej generácie.
  • 45
  • MIT

rnatoy

Dôkaz koncepcie RNA-Seq potrubia s Nextflow.
  • 28

GATK

Zárodočný variant volania Nextflow Pipeline na základe osvedčených postupov GATK4.
  • 11